Fra det Andet Vatikankoncil til i dag (1965-2000)
Biskop Suhrs efterfølger blev den danske jesuit Hans Ludvig Martensen (født 1927), der på den måde fik lov til at deltage i koncilets sidste samling. Martensen havde foretaget dybtgående studier i reformatoren Martin Luther og var på den måde "klædt på" til den økumeniske dialog, der blomstrede op i kølvandet på koncilet. I første omgang blev hans hovedopgave dog at omsætte koncilets og den efterkonciliære tids reformer til praktisk virkelighed. Det betød bl.a. liturgireform (dansk messe), modernisering af kirkeindretningen og indførelsen af nye administrativt-pastorale strukturer - alt ledsaget af en reformiver og -optimisme, men også af en til tider skarp polarisering, hvor "progressive/liberale" og "konservative/traditionelle" holdninger og idealer brødes. Knudepunktet i denne proces var den rådgivende synode på Nyborg Strand 1969 med deltagelse af præster, ordensfolk og lægfolk. Resultatet blev indførelse af valgte menighedsråd med vidtgående økonomisk ansvar, regionalråd (siden afskaffet) og et landsdækkende, rådgivende pastoralråd for hele bispedømmet med valgte repræsentanter fra præster, ordensstand og lægfolk.
Med hensyn til de danske katolikkers sammensætning skete der i perioden efter koncilet gennemgribende ændringer. Mange danske katolikker forlod i al stilhed Kirken, men flygtninge og indvandrere fra forskellige lande kom i samme periode til Danmark og søgte kontakt til den kirke, de havde tilhørt i deres hjemlande. Ikke mindst den store gruppe vietnamesiske bådflygtninge fra 1970'erne har sat sit præg på mange menigheder og ført til oprettelsen af nye. Men der er også en del tamiler, en stor gruppe polakker og i de seneste år også en voksende gruppe katolikker fra det krigshærgede Centralafrika.
Sidst i biskop Martensens embedsperiode falder to markante begivenheder, der også gav genlyd i den bredere offentlighed. Den 23. oktober 1988 blev den danske videnskabsmand og biskop Niels Steensen (1638-86) saligkåret i Peterskirken i Rom. Godt 800 danske katolikker med biskop Martensen i spidsen deltog i ceremonien sammen med katolikker fra Tyskland, Frankrig, Nederlandene og Italien. I begyndelsen af juni 1988 besøgte pave Johannes Paul II Norden og tilbragte dagene 6. og 7. juni i Danmark. Her blev det ikke kun til store messer på Åsebakken og Øm, men også til en økumenisk aftenandagt i Roskilde domkirke med efterfølgende møde med folkekirkelige biskopper i Landemodesalen og et bredt økumenisk møde i Molktes Palæ.
Efter godt en menneskealder som overhyrde for en stadig mere broget skare af danske katolikker bad biskop Martensen af helbredsgrunde paven om at blive afløst. Rom imødekom ansøgningen og udnævnte i foråret 1995 pastor Czeslaw Kozon (født 1951) til Danmarks nye katolske biskop. Kozon var året før blevet udnævnt til generalvikar, men var i øvrigt sognepræst i Ordrup og Hellerup. Hermed holdt Rom fast ved, at den katolske Kirke i Danmark burde ledes af en danskfødt. For sit rent polske navn til trods er Czeslaw Kozon født og opvokset på Lolland-Falster.
Mange opgaver af administrativ, økonomisk, kirkepolitisk, pastoral, liturgisk og praktisk art presser sig på. I et historisk perspektiv synes den mest fremtrædende udfordring dog at være omstillingen fra en situation, hvor problemet var at forene "dansk" og "katolsk" uden at blive fremmed i sit eget land eller forråde verdenskirken, til en situation, hvor problemet består i at skabe enhed og fællesskab blandt sprogligt og kulturelt stadig mere forskellige "danske" katolikker i et stadigt mere multikulturelt samfund - og det i en situation, hvor behovet for en ny-evangelisering i et stadigt mere postkristent samfund trænger sig på.