Reformationen
Reformationsrøret i Tyskland efter Luthers angreb på afladshandelen 1517 nåede hurtigt Danmark, hvor "evangeliske" menigheder dannedes fra ca. 1526, især i byerne. Religiøse og politiske modsætninger blandedes i de følgende år på svært gennemskuelige måder, men afgørende blev, at den verdslige øvrighed, kongerne Christian II, men frem for alt Frederik I og Christian III, af indre overbevisning og i deres egen politiske og materielle interesse (hvor meget af hver lader sig næppe afgøre) støttede de reformatoriske strømninger og gradvist udhulede den kirkelige øvrigheds muligheder for at skride ind over for kætterne.
Da Christian III sammen med adelen efter borgerkrigen Grevens Fejde i 1536 befæstede sin sejr og udstak retningslinierne for sit nye styre, benyttede han lejligheden til at fængsle bisperne og gennemføre en luthersk reformation "fra oven". Resultatet blev en økonomisk og politisk saltvandsindsprøjtning til kongemagten, en konsolidering af adelens sociale dominans og en næsten total politisk umyndiggørelse af gejstlighed, borgere og bønder. De fleste tiggermunkeklostre var allerede lukkede, og deres ejendomme overgået til kongen eller anvendt til sociale formål i byerne (hospital, skole). De adelige landklostre fik lov at bestå, men måtte ikke optage nye medlemmer. De døde derfor gradvist ud, og deres gods overgik til kronen. Bispegodset overgik ligeledes til kronen. Sognepræsterne fik lov at blive siddende og måtte nu gifte sig. Københavns Universitet reorganiseredes som en næsten ren præsteskole, der i de kommende generationer uddannede de præster, der gradvist satte et egentligt protestantisk præg på befolkningen.
Det lokale kirkelige liv var således ofte præget af stor kontinuitet, idet sognepræsten normalt var den samme, og kirkernes udsmykning bestod stort set uberørt. På den anden side var bruddet på øverste niveau helt entydigt: Ingen af de gamle bisper fortsatte i embedet, og de nye "superintendenter" var ordineret af den lutherske professor og superintendent Joh. Bugenhagen, som kurfyrsten af Sachsen venligt havde stillet til rådighed. De nye bisper, som de hurtigt atter blev kaldt, havde ingen direkte politisk magt og var i et og alt underordnet kongen. I byerne betød reformationen en enorm centralisering, idet mangfoldigheden af klostre og kapeller forsvandt til fordel for én kirke i hver købstad.
Selvom det er umuligt kort at sammenfatte en så kompleks proces som reformationen, kan man dog anføre nogle stikord. En markant centralisering af det religiøse liv er allerede nævnt. Et andet træk var intensiveringen, i den forstand, at reformationen også repræsenterer "de frommes sejr". Disse fromme begyndte nu med statsmagten i ryggen et religionspædagogisk genopretnings- og disciplineringsprogram, der har mange paralleller til den lidt senere katolske reform i Syd- og Mellemeuropa i kølvandet på Tridentinerkoncilet (afsluttet 1563). For det tredje var der tale om ændringer i tro og religiøs kultur: Sakramenternes tal blev skåret ned fra syv til to (dåb og nadver), men det betød nu mindre, end man først skulle tro, for præster blev fortsat "ordineret" og privat skriftemål fortsat praktiseret. Vigtigere var den ændrede opfattelse af messen og dermed nadveren: Den protestantiske kirke opfattede den katolske lære om messen som en aktualisering af Kristi ene offer på korset som ren overtro og afgudsdyrkelse. Gudstjenesten skulle fremover hovedsageligt bestå af forkyndelse og undervisning fra prædikestolen og lovprisning i form af salmer fra folket. Kort sagt: Det kultiske og rituelle forsvandt - eller skulle i hvert fald helst forsvinde - til fordel for forkyndelsen og tilegnelsen af Evangeliet om syndernes forladelse ved troen alene. I anden række kommer så afskaffelsen af helgenkult, processioner, andagtsformer som rosenkransen etc. På trods af en vis ydre kontinuitet ændrede den kirkelige selvforståelse sig også markant. Som kristen i Danmark var man ikke længere led i en verdenskirke med paven i Rom som universelt overhoved og enhedens tegn, men tilhørte en isoleret statskirke, hvis overhoved var den danske konge, der opfattedes som en moderne udgave af den gamle pagts retfærdige konger, David og Salomon.
Hvor hurtigt slog det igennem? Det er der ingen, der rigtigt ved, men der er kun få og isolerede spor af "katolske modstandslommer", og ved slutningen af 1500-tallet må man anse den katolske tradition for endegyldigt brudt.