Fra reformationen til religionsfriheden (1536-1849)
På grund af omstændighederne ved reformationens indførelse var de første par generationer efter 1536 præget af konsolidering og gradvis udbygning af det nye lutherske system, f.eks. i form af Bibeloversættelse, salmebøger, sikring af sognepræsternes økonomiske stilling etc. Da truslen mod den danske lutherske fyrstekirke på ny dukkede op, var det i første omgang ikke i form af katolske missionsforsøg, men i skikkelse af udenlandske protestantiske indvandrere (håndværkere, handelsfolk og regulære flygtninge) af afvigende, oftest af kalvinistisk observans. Dem måtte der skrides ind overfor, og de blev slet og ret forpligtet til at vælge mellem at sværge på en slags dansk-luthersk trosbekendelse (fremmedartiklerne 1569) eller rejse. Fremmedartiklerne var formuleret, så de også omfattede katolikker, og på den måde blev udenlandske katolikkers tilstedeværelse i Danmark og Norge kriminaliseret.
Den katolske "trussel" viste sig først rigtig i begyndelsen af 1600-tallet, da det blev åbenbart, at en del danske adelsmænd på deres store europæiske (ud)dannelsesrejser studerede ved jesuitiske læreanstalter. Samtidig begyndte man fra katolsk side at sondere mulighederne for katolsk mission i danmark og Norge. Resultatet blev en stærk antikatolsk lovgivning, der blev gentaget adskillige gange, f.eks. i Danske Lov 1683, og i princippet var i kraft til Junigrundloven 1849. Det blev forbudt danskere at besøge jesuitiske skoler i udlandet, og hvis de gjorde det, kunne de ikke opnå statsembede ved hjemkomsten. Hvis en af den danske konges undersåtter konverterede til den katolske tro, var straffen landsforvisning og tab af arveret.
Formålet med denne lovgivning var selvsagt at bevare og beskytte Danmark-Norges konfessionelle ensartethed mod indre frafald og ydre angreb, og det må siges at være lykkedes i fuld udstrækning. Med ganske få og kontrollerede undtagelser lykkedes det ikke nogen ikke-lutherske trossamfund at etablere sig i Danmark før religionsfriheden 1849. Undtagelsen var de få byer, hvor der i løbet af 1600-tallet af økonomiske grunde blev etableret religionsfrihed for jøder, katolikker, kalvinister etc. (bl.a. Fredericia, Glückstadt, Altona og i en vis udstrækning København). En anden delvis undtagelse var de fremmede (katolske og kalvinistiske) ambassadørers huskapeller, der med forskellige katolske magter som værter bestod fra midten af 1600-tallet. Ved disse huskapeller måtte ambassadørens egen præst fejre gudstjeneste, prædike og forrette andre kirkelige handlinger, men i princippet kun for ambassadørens egen husstand. I realiteten fungerede de katolske huskapeller også som kirke for den lille skare lokale katolikker, i alt væsentligt udenlandske soldater, officerer og hoffolk. Deres deltagelse var i princippet ulovlig, men for at holde på denne styrke af kvalificeret arbejdskraft måtte man se igennem fingre med det, hvilket selvfølgelig gav mange nysgerrige lejlighed til at lytte og se med. Men så snart der på den ene eller anden måde var tilløb til katolsk mission eller til spontane konversioner, blev der skredet ind med statsmagtens midler.
Administrativt blev de kirkelige forhold i Norden fra katolsk side i 1600-tallet lagt i faste rammer. 1622 oprettede paven Kongregationen for Troens Udbredelse (Congregatio de propaganda fide, deraf "Propagandakongregationen"), der havde til opgave at koordinere og lede den katolske mission i hele verden. Denne kongregation fik også ansvaret for de tidligere katolske områder som f.eks. Norden, og de pavelige nuntier (ambassadører) i Bruxelles og Køln fik ordre om at følge situationen i Norden. 1667 oprettedes et særligt Apostolsk Vikariat for Norden, hvis første vikar (dvs. biskop) var Valerio Maccioni, apostolsk vikar hos den til katolicismen konverterede hertug Johann Friedrich af Hannover. Efter Maccionis død overgik embedet 1677-86 til den danske videnskabsmand, konvertit og biskop Niels Steensen (1638-86). Det var i sin egenskab af apostolsk vikar, at Niels Steensen i 1685 kom til København og i al hemmelighed meddelte firmelsens sakramente i den franske ambassadørs kapel. Efter Niels Steensens død varetoges det nordiske vikariat i regelen af nordtyske biskopper (biskopperne af Hildesheim, Münster, Paderborn eller Osnabrück).