Fra 1849-1965
Med Junigrundloven indførtes ikke kun folkestyre - i princippet i hvert fald - men også fuldkommen religionsfrihed, for så vidt religiøse mindretals gudsdyrkelse ikke stred mod den offentlige orden og den gode moral. Hermed var alle skranker i princippet faldet, men det tog en del år, før Den Katolske Kirke tog konsekvensen af de nye muligheder. Administrativt tilhørte Danmark det Nordiske vikariat, som varetoges af biskoppen af Osnabrück. I 1849 var biskoppen af Osnabrück Karl Anton Lüpke, men det var først under hans efterfølger, Paul Melchens, der begyndte at ske noget. Melchens kom 1860 til København for at sætte sig ind i forholdene og meddelte som den første siden Niels Steensen firmelsens sakramente. Omkring 1850 regner man med, at der fandtes ca. 1.000 katolikker i Danmark.
I 1868 skete der noget afgørende. Danmark blev ophøjet til et selvstændigt apostolsk præfektur, og til præfekt udnævnte Rom den dynamiske sognepræst ved Sankt Ansgars Kirke, Hermann Grüder (1828-83). Biskoppen af Osnabrück havde stadig et vist opsyn med Danmark, men i alt væsentligt var Grüder nu herre i eget hus og kunne begynde et systematisk organisations- og missionsarbejde. Til de to gamle sogne, København (ca. 1640) og Fredericia (1674), kom seks nye: Odense og Randers 1867, Horsens 1872, Århus 1873, Kolding 1882 og Svendborg 1883. Dertil kommer en række mindre kapeller og missionsstationer. På grund af politiske vanskeligheder i Tyskland (kulturkampen) og Grüders ihærdighed begyndte jesuitterne 1872 deres arbejde i Danmark, dels i Århus, men først og fremmest i København, hvor de 1873 oprettede en katolsk drengeskole, Sankt Andreas Kollegium (1873-1920), i Ordrup, nord for København. I Grüders tid voksede antallet af katolikker fra ca. 1.000 til ca. 3.000.
I 1883 efterfulgtes Grüder af sognepræsten i Fredericia, Johannes von Euch (1834-1922). I 1892 blev Danmark ophøjet til et apostolsk vikariat, og præfekt von Euch blev apostolsk vikar og dermed bispeviet. For de danske katolikker betød det, at de nu endelig havde "deres egen biskop", hvilket man var overordentlig stolt af. Biskop von Euch var en stor organisator, og hans embedsperiode var en opgangstid, hvor antallet af katolikker voksede til ca. 25.000. Nogle var indvandrere, bl.a. en del "roepolakker" (landarbejdere), men de fleste var konvertitter (ca. 200 om året). Antallet af sogne steg fra 8 til 28, udenlandske ordenssamfund (redemptorister, montfortanere, kamillianere, vincentpræster, skt. Josefsøstre, Vincentsøstre, hedvigsøstre etc.) etablerede sig med kirker, skoler og sygehuse, og en lille dansk-katolsk kulturelite begyndte at gøre sig gældende, både i og uden for kirken. Den kendteste af alle var forfatteren og konvertitten Johannes Jørgensen.
Fra 1922 var det præmonstratenseren Josef Brems (1870-1958), der i mellemkrigstiden fik til opgave at løfte arven efter von Euch. Brems havde som sognepræst i Vejle udført et fremragende arbejde og opbygget sjælesorgen i Østjylland. Hans bispetid var mere præget af konsolidering end ekspansion, og Brems led under bispeansvarets byrde, så han 1938 måtte nedlægge embedet af helbredsgrunde og rejse tilbage til sit hjemkloster Averbode i Belgien. Den førende danske katolske kulturpersonlighed i mellemkrigstiden var præsten og konvertitten Peter Schindler, der gennem et stort og varieret forfatterskab (rejseskildringer, apologetisk litteratur, prædikener, digte, avisartikler, salmer, oversættelser) nåede ud til brede kredse. Bl.a. i kraft af Peter Schindlers markante profil blev det dansk-tyske modsætningsforhold blandt katolikkerne skærpet.
Brems' efterfølger blev den danske konvertit og benediktinermunk Theodor Suhr (1896-1997), hvis historiske rolle blev at føre kirken frelst gennem Anden Verdenskrigs vanskeligheder. Som den første danskfødte leder af den katolske kirke i Danmark siden reformationen havde Suhr særlige muligheder for at gøre sig gældende i offentligheden, hvilket han i kraft af sin statelige fremtræden og slagfærdige facon var eminent egnet til. Under hans embedsperiode fortsatte den gradvise udbygning af sognestrukturen, og nye ordenssamfund (franske dominikanere, amerikanske oblatfædre, etc.) begyndte deres virke i landet, men det ville være misvisende at karakterisere Suhr som nogen stor organisator - den bureaukratiske side af sin embedsgerning havde han et afslappet forhold til. I 1953 afholdtes et landsdækkende pinsestævne i Frederiksberg Have, 1950 oprettedes Niels Steensens Gymnasium (af jesuitterne) og 1953 ophøjedes Danmark officielt til et selvstændigt og normalt katolsk bispedømme. Biskop Suhr blev udnævnt til den kommission, der skulle forberede det Andet Vatikankoncil 1962-65, men måtte i 1964 af helbredsgrunde afstå fra aktiv deltagelse i koncilet og bad til sidst om at blive løst fra sine embedsforpligtelser. 1965 fik han lov til at gå på pension.